植物种类宜选择姿态优美、矮小、浅根、抗风力强的花灌木、小乔木、球根花卉和多年生花卉。由于多年生木本植物根系对防水层穿透力很强,因此,应根据覆土厚度来确定种植植物品种。覆土厚100cm可植小乔木;厚70cm可植灌木;若覆土50cm厚,可以栽种低矮的小灌木,如蔷薇科、牡丹、金银藤、夹竹桃、小石榴树等;若覆土厚30cm,宜选择冬枯夏荣的一年生草本植物,如草花、药材、蔬菜。

 2.抗风性

南京屋顶花园的设计中为了功能和美观的需要,有时需要设计一些构架,小品等立于屋顶之上.如果必须设计这些,我们将会遇到一对矛盾体.A,屋顶往往风力较低面大,则需要构架基础更牢固;B,在屋顶没有条件将基础埋于土下很深处,在屋顶上植筋效果不理想还破坏屋顶防水层也是不可取的.这是一对矛盾体,解决这对矛盾的方法就是为之设计放大基础.

3.结构顶板荷载

通常屋顶花园设计时屋顶结构已经完成（部分为已成建筑），屋顶结构还能承受多少重量是我们做屋顶设计的前提条件。如若设计超过建筑顶部设计荷载，将会导致屋顶结构处于随时危险的状态，此为屋顶花园设计之大忌。因此我们在屋顶花园设计时要考虑设计内容的重量区间，种植土的厚度，能种植多大规格的树等等。

4.防水和排水

通常原始屋顶是通过屋顶面找坡排水的形式，将雨水引至排水口，屋面做防水层。在屋顶花园设计以后如果不采取专业处理，屋面的雨水无法快速地从排水口排出，将导致屋顶积水、植物根系破坏防水层导致漏水，屋顶植物淹死等问题。所以我们做屋顶绿化设计时要考虑到屋顶有组织排水，屋顶和种植土之间需要铺设屋顶花园专用排水板，屋顶花园专用排水板不妨碍屋顶自由排水，且有部分蓄水功能，保持屋顶植物的水分，做法如下图所示（从下往上做法为：屋顶结构-防水板-无纺布一层-5~10cm厚中粗砂-适当厚度的轻质种植土-屋顶植物）。实际工程中屋顶花园专用排水板已经得到广泛的运用，它的效果也得到了实践的考验。

 5.防止植物根系穿刺问题

屋顶绿化植物的根系若不采用阻拦的措施,会对屋顶的结构造成一定的伤害。即使是在仅有防水层或包括压制层的屋面上,由于空气的流动作用导致一些植物的种子飘落屋面上,在一定的条件下,植物也能顽强的生长。其后果导致其根系穿透防水层,甚至结构层,从而使整个屋面系统失去作用。在花园无卖弄上,由于涂层的存在,产生了更有利于植物生长的环境。其他的某些外来植物一般都较我们预先铺设的植物更具生命力,这些植物会不断侵蚀其他植物的领地。另外,草类植物的根系相当发达并且穿透力较强,对防水层及结构层的破坏力也很大。所以在建筑物的结构层上进行园林建设时,就必须引导和限制植物根系的生长。否则,植物根穿透防水层会造成防水功能失效;植物根穿透结构层而造成更为严重的结构破坏。综上所述,从经济和安全角度考虑,植物根阻拦层的设置对于花园屋面的建设是不可或缺的。如果忽略植物根阻拦层的设置,将造成因小失大的严重后果。